検査室での検討事項と運用方法

検査室での主な検討事項

検査室でNTRK融合遺伝子を検出するための検討事項は癌腫や検査方法によって異なります

  • 生検方法の種類により検査に用いる必要な核酸量は変わる1,2
  • 遺伝子検査における検査前プロセスの管理は、結果に影響を及ぼす可能性がある重要な工程である2
  • 生検による検体採取と前処理の管理は、それぞれの検査法での検査精度に影響を与える可能性がある3
  • 平均所要時間は検査法によって異なる2
  • 測定におけるバッチ処理は検査法によって異なる4

References

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癌腫別の組織の充足度

さまざまな検体採取の方法が癌腫ごとに採用されています

  • 患者の鑑別診断をサポートするために使用される腫瘍検体の量は様々です1
  • それぞれの癌腫への適応に応じたバイオマーカー検査の頻度は、必要とされる腫瘍量とともに大きく異なる可能性があります2
  • 肺癌のように検体の確保量が少ない腫瘍の場合、生検時の腫瘍組織の施設内評価は、検体が検査に適したものであることを確認するのに役立ちます1
  生検の種類 利用可能な量 診断に使用する量 定期的なバイオマーカー検査に使用されている組織* 追加検査のために残っている組織
肺癌3,4 穿刺吸引細胞診 200 μm 38 μm 100 μm 62 μm
大腸癌 生検 >1000 μm 38 μm 136 μm >826 μm
膠芽腫5 外科的切除 1600 μm 30 μm 122 μm >1448 μm
胆管癌6 穿刺吸引細胞診
外科的切除		 200 μm
2600 μm		 62 μm
62 μm		 64 μm
64 μm		 74 μm
2474 μm
膵癌 穿刺吸引細胞診/吸引下生検 200 μm 30 μm 定期的には行わない 170 μm
頭頸部癌7 外科的切除/穿刺吸引細胞診 600 μm ～50 μm 22 μm 528 μm
悪性黒色腫8 外科的切除 >1000 μm ～50 μm 110 μm >840 μm
肉腫9 生検 1500 μm ～50 μm 122 μm 1328 μm
甲状腺癌10 穿刺吸引細胞診 3-4 slides 3-4 slides 定期的には行わない なし
神経膠腫5 外科的切除 1600 μm 30 μm 1200 μm 1448 μm
消化管間質腫瘍11 外科的切除 2600 μm 14 μm 42 μm 2544 μm
乳癌/乳腺分泌癌12 針生検 1500 μm 42 μm 142 μm 1316 μm

＊これらの必要核酸量は、ベストプラクティスの推奨事項に基づいており、実臨床で用いられている検査法とは異なる可能性があります。

NTRK融合遺伝子検査のために利用可能な腫瘍量は、癌腫によって大きく異なることがあります2。したがって、検査に最適な検体の利用量を確保するために、各部門の担当者と協業することが重要です

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検体の前処理

分析前プロセスは、測定結果の精度に影響を与える可能性があります1,2

分析前ステップ
固定
検体の取り扱い
組織処理
包埋

FFPE組織検体は分子病理検査の基本となっています1-3

分析前ステップ FFPE組織検体
処理
  • 通常、可能な限り短い時間に、中性緩衝ホルマリン溶液で固定するのが望ましい。ホルマリン濃度は10%を用いることが望ましい：
    • 組織検体（手術検体、内視鏡的に切除された検体、生検検体）では、6〜48時間の固定を行うことが望ましい
メリット
  • FFPE検体は組織形態学的に優れており、腫瘍細胞を評価するために腫瘍全体の構造を保存することができる
  • 長期保存： 室温にて保管できる
デメリット
  • ホルマリンによるDNAの架橋は核酸抽出に影響を与える可能性がある
  • DNA断片化は、長いDNAセグメントの解析に影響を与える可能性がある
  • シトシンの脱アミノ化により塩基転位型突然変異を発生することがあり、これは高感度検査によっては偽陽性を引き起こす可能性がある

References

検査法別の検体の考察

生検方法と分析前処理は、それぞれの検査法の検出品質に影響を与えます1

NGS法

  • RNAは非常に壊れやすい分子であり、簡単に分解される2
  • ホルマリン固定は、DNA/RNAテンプレートの断片化をもたらすことがあり、これは十分なカバレッジを持つブレイクポイントの正確な検出に影響を与える可能性がある2
  • 1つの検体から複数のバイオマーカーを検出することができる3,4

 

IHC法

  • 固定方法（固定の時間と固定液の種類）によって検査結果に影響を与える可能性がある
  • 固定が不十分な場合、染色が不均一になる可能性がある5
  • 長時間の固定は免疫染色の反応低下を引き起こす可能性がある5

 

FISH法

  • 必要な材料の量は、必要なプローブの数と反応の数に連動している
  • 少数の発癌性マーカーの臨床評価に適している6

 

RT-PCR法

  • 高品質の検査を確保するために検体の適切な処理が必要になる
  • 検体内に存在する可能性のあるPCR阻害物質は、検査結果に影響を与える可能性がある7
  • DNAまたはRNA のコンタミネーションにより偽陽性を引き起こす可能性がある7
病理医は腫瘍含有範囲を特定し、それぞれの検査法に必要な腫瘍細胞量が含まれていることを確認するために、検体を注意深くチェックする必要があります1

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NTRK融合遺伝子の検出 NTRK融合遺伝子のためのNGSの最適化 検査室での検討事項と運用方法